Styret bestemte at museet i en oppstartingsfase skulle forsøke å lage nye utstillinger hvert år, basert på ulike sider av byens historie. I utgangspunktet manglet museet både gjenstander og lokaler. I 1993 fikk stiftelsen en 40-års kontrakt med Risør Kommune om leie av Prestegata 9 eller ”gamlegymmen”, som den kalles av risørfolk. Fra 1994 har museet hatt årlige utstillinger her.

Ganske snart kom tre brannsprøyter fra Risør brannvesen på plass. I 1992 brant Solsiden 10, og en original bygningsdel derfra ble restaurert av Aust- Agder museet og senere oppført inne i gymsalen av Risørs nåværende ordfører, tømmermann Knut Henning Thygesen. Familien Halvorsen, som hadde drevet bokbindervirksomhet i Hasdalsgata 1 i en årrekke, donerte også sin gamle aksidenspresse og bokbinderredskaper til museet. I 1990 var det 100 år siden Dikken Zwilgmeyers barnebøker om gladjenta Inger Johanne ble utgitt, og dette ble blant annet markert av foreningen Norden i byen, gjennom det såkalte Dikkenprosjektet. Da museet ble stiftet, bestemte de ansvarlige i Dikkenprosjektet å låne ut Dikkens originale skriveskrin, samt sjal og brosje som hun fikk til sin konfirmasjon, til museet. Dermed var noen basiselementer på plass og den første utstillingen kunne planlegges.

Siden museet har så få egne gjenstander, har de fleste utstillinger vært basert på mange innlånte gjenstander. Til og med år 2000 hadde styreleder Strandquist hovedansvar for alt utstillingsarbeidet. Et aktivt styre hjalp hele tiden til. Det ble laget ny utstilling hvert år og mange sider av byens historie ble belyst, bl.a. seilskutetiden, bybrannen, båtbygging og trelasthandel. Kvinnens mangfoldige gjøremål i hus og hjem ble også markert.

Flere nye gjenstander er donert til museet gjennom årene, bl.a. skomaker Rolfsens arbeidsbord med verktøy, lærprøver og eksempel på ferdiglagede sko, og gullsmed H. Norby Johnsens forskjellige verktøy. Disse utgjør basis i museets ”smakebiter fra håndverk og handel” i byen. En stor del av utstillingen består dessuten av gamle stikk, fotografier og kart. Sammen med de før nevnte basisgjenstandene, belyser også dagens utstilling ulike sider av Risørs historie.

Fra og med 1. januar 2008 har Risør museum vært en avdeling under Aust-Agder kulturhistoriske senter (AAks). Samordningen er et resultat av Aust-Agder fylkestings vedtak i 2002 om at alle lokalmuseene som ikke var knyttet til et konsolidert museum skulle få tilbud om å bli avdelinger under Aust-Agder kulturhistoriske senter. Hensikten med samordningen er å heve den museumsfaglige kvaliteten ved lokalmuseene, og styrke det lokale engasjementet. Vi bruker spisskompetansen og sentrale funksjoner ved AAks til videreutvikling av drift og museumsfaglige oppgaver. Samtidig forblir Risør museums bygninger og samlinger i lokalt eie. Stiftelsesstyret for Risør museum er ansvarlig for å videreføre og styrke det lokale engasjementet i rundt Risør museum og er en ressursgruppe for bestyreren.