Navnet Risør ble sannsynligvis først nyttet om øyene øst for byen. En av disse øyene kalles fortsatt Risøya. Risør vil da bety “øyene med ris, krattskog” i motsetning til holmer og skjær med bare blanke svaberg
Navnet er sannsynligvis satt av handelsfolk sørfra som skulle orienter seg på norskekysten. Ved disse øyene kunne hollenderne på 14-1500-tallet møte bønder for å avtale tømmerkjøp, og stedet ved utløp av fjordene fikk en såvidt stor betydning at navnet ble anvendt på fastlandet innenfor da strandsitterne slo seg ned der på 1500-tallet. Risør nevnes første gang i 1607 som uthavn, og da er navnet skrevet “Øster-Riisøer”. (Vester-Risøer er en uthavn ved Mandal.) Fram til 1905 var dette den offisiele skrivemåten, men alt på 1800-tallet forekommer ofte den kortere formen Risøer. Ved sammenslåingen av kommunene Risør og Søndeled i 1964 ble også Risør navnet på kommunen
Uthavn
I løpet av 1600-tallet vokste det fram en rekke mindre uthavner langs kysten. Disse fungerte som en slags “havets service-stasjoner” hvor de sjøfarende kunne finne havn og nattly samt få forsyninger, proviant o.l. På grunn av beliggnheten ytterst mot skipsleia kan en si at Risør utviklet seg fra uthavn til by.